Le congé pour maladie de longue durée et les indemnités journalières

Lorsqu’une maladie d’Alzheimer ou une maladie apparentée est diagnostiquée, la personne en activité professionnelle peut bénéficier d’un arrêt de travail, puis, lorsque la situation l’exige, d’un congé pour maladie de longue durée. Ce cadre permet de maintenir une continuité d’indemnisation et de sécuriser les droits sociaux pendant la période de soins.
 

 

Droit aux indemnités journalières

 

Les indemnités journalières (IJ) compensent partiellement la perte de salaire pendant l’arrêt maladie. Elles sont versées par l’Assurance maladie dès lors que les conditions d’ouverture de droits sont remplies.
 

Un point essentiel doit être rappelé : le droit aux IJ dépend uniquement des cotisations versées avant l’arrêt, et absolument pas du maintien ou non dans l’emploi. Le salarié peut donc quitter l’entreprise sans perdre ses IJ, dès lors que l’arrêt est médicalement justifié et se poursuit.
 

Les IJ correspondent en principe à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite du plafond de 1,4 SMIC. Elles peuvent être complétées :
 

• par le maintien de salaire légal, dépendant de l’ancienneté ;
• par une prévoyance collective, lorsqu’elle existe.

 

 

Durée des indemnités journalières

 

Lorsque la maladie est reconnue comme affection de longue durée (ALD), les IJ peuvent être versées pendant 3 ans maximum, de date à date.
 

À l’issue de cette période, ou avant, sur décision du médecin conseil de la sécurité sociale, lorsque l’état de santé est stabilisé, la personne peut être placée en invalidité par l’Assurance maladie. La pension d’invalidité sécurise alors un revenu minimal lorsque la capacité de travail est durablement réduite.
 

 

Régimes spéciaux et indépendants

 

Même si la loi tend vers une harmonisation des droits, les modalités d’indemnisation et les délais peuvent varier selon le régime d’affiliation (SNCF, régimes spéciaux, travailleurs indépendants). Il est donc important de vérifier les modalités propres à son régime, notamment pour les indépendants et commerçants, dont les règles d’accès aux IJ et d’invalidité diffèrent du régime général.
 

 

Fonctionnaires

 

Les fonctionnaires relèvent d’un régime particulier. Ils peuvent bénéficier du congé de maladie ordinaire, du congé de longue maladie (CLM) ou du congé de longue durée (CLD), selon la gravité et l’évolution de la maladie.
 

Le maintien du traitement varie selon la durée et le type de congé. L’administration organise également un suivi par le conseil médical (ancien comité médical).
 

La mise en retraite anticipée pour invalidité peut intervenir à l’issue de ces congés, avec des règles spécifiques d’évaluation et de calcul.
 

Un accompagnement est souvent utile pour comprendre l’articulation entre congé, invalidité et prévoyance éventuelle.
 

Important : à compter de janvier 2027, un régime d’invalidité similaire à celui du privé va être créer pour la Fonction Publique d’État.
 

 

Acquisition de jours de congé pendant un arrêt maladie non professionnelle

 

Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié continue d’acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie non professionnelle, à hauteur de 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par an. Les règles de report diffèrent selon la durée de l’arrêt.
 

Si l’arrêt est inférieur à un an, les congés non pris en raison de la maladie sont reportés sur une période de 15 mois, qui commence à la date où l’employeur informe le salarié, après sa reprise, du solde des congés et de la date limite pour les utiliser.
 

Si l’arrêt est égal ou supérieur à un an, le période de 15 mois court à la fin de chaque période d’acquisition annuelle, même si le salarié n’a pas repris son poste. Dans ce cas, il n’y a pas d’obligation d’information par l’employeur, et les congés non pris au terme des 15 mois sont perdus.
 

 

Complément de salaire par une prévoyance

 

Lorsqu’une prévoyance collective existe, elle peut compléter les indemnités journalières et ensuite compléter la pension d’invalidité. Les garanties dépendent du contrat collectif, des accords de branche ou d’entreprise. Une vérification auprès du service RH est indispensable.
 

 

Rupture du contrat de travail

 

Pendant un arrêt long, certains employeurs proposent une rupture conventionnelle qui peut paraître avantageuse. Parfois, la personne envisage de poser une démission. Ces décisions doivent être analysées avec une extrême prudence, car elles peuvent avoir des conséquences importantes sur les droits. Notamment si la personne bénéficie d’un maintien de salaire par son employeur ou par une prévoyance.
 

 

Points fondamentaux à retenir :

 

• Quitter l’entreprise n’interrompt pas le droit aux IJ, puisque ce droit dépend des cotisations antérieures à l’arrêt et de la prolongation de l’arrêt de travail.
• La question centrale concerne la prévoyance, qui peut être définitivement perdue, où les garanties peuvent être dégradées selon la façon dont la rupture est gérée.
• L’inscription à France Travail n’est jamais obligatoire, sauf pour percevoir l’aide au retour à l’emploi (ARE) ou bénéficier de la portabilité de la complémentaire santé et de la prévoyance.

 

 

Situations possibles

 

1. Salarié en arrêt au moment de la rupture du contrat

 

Lorsqu’un salarié quitte l’entreprise alors qu’il est en arrêt maladie, il est absolument essentiel qu’il continue de transmettre sans interruption les arrêts de travail de prolongation à la sécurité sociale ainsi qu’à la prévoyance. Cette démarche doit être maintenue jusqu’à la reconnaissance d’une éventuelle invalidité.
 

Maintien des droits et des garanties

 

La transmission régulière des arrêts de travail présente plusieurs avantages majeurs pour le salarié. Tout d’abord, elle permet de garantir la continuité du versement des indemnités journalières par la sécurité sociale, évitant ainsi toute rupture de revenu pendant la période d’arrêt maladie. De plus, cette vigilance est nécessaire pour conserver le bénéfice des compléments de prévoyance ouverts pendant que le salarié était encore dans les effectifs de l’entreprise.
 

Portabilité de la complémentaire santé

 

En transmettant aux organismes concernés les relevés d’indemnités journalières, le salarié peut également obtenir la portabilité de sa complémentaire santé. Cette portabilité assure la continuité de la couverture santé après le départ de l’entreprise, tant que les démarches administratives sont correctement effectuées.
 

Protection jusqu’à la retraite

 

Grâce au respect de ces obligations, le salarié bénéficie d’une protection continue. Celle-ci s’étend jusqu’à la reconnaissance de l’invalidité, pendant toute la durée de l’invalidité, et se poursuit jusqu’à la retraite. Les garanties acquises pendant la période d’emploi sont ainsi maintenues jusqu’à la fin de la carrière professionnelle.
 

Attention : vigilance sur la continuité des arrêts

 

Il est important de souligner que quelques jours sans transmission d’arrêt de travail suffisent à faire perdre définitivement les garanties de prévoyance. La rigueur dans le suivi administratif est donc cruciale pour préserver l’ensemble des droits liés à la maladie et à la prévoyance.
 

 

2. Salarié en invalidité au moment de la rupture

 

Lorsqu’un salarié est reconnu en invalidité avant la rupture de son contrat de travail, la prévoyance a déjà été « actionnée », ce qui signifie que les droits et garanties ouverts au titre de la prévoyance sont maintenus sans qu’il soit nécessaire de solliciter la portabilité de cette couverture. Il est donc essentiel de ne pas demander la portabilité pour la prévoyance, afin de ne pas compromettre les droits déjà acquis.
 

Les garanties de prévoyance auxquelles le salarié a eu droit durant sa présence dans l’entreprise continuent de s’appliquer jusqu’à son départ à la retraite. Cette continuité permet au salarié de conserver une protection financière et sociale, sans interruption, pendant toute la durée de son invalidité jusqu’à la retraite.
 

Il est fondamental, avant toute démarche d’inscription à France Travail ou avant une éventuelle reprise d’activité chez un nouvel employeur, de vérifier attentivement les clauses du contrat de prévoyance. En effet, certains contrats prévoient que l’indemnisation n’est maintenue qu’en cas d’incapacité totale d’exercer toute activité professionnelle. Or, pour obtenir la portabilité de la complémentaire santé, une inscription à France Travail est nécessaire, cette portabilité étant limitée à une durée maximale de 12 mois. Il convient donc, dans la plupart des cas, de privilégier la conservation des garanties de prévoyance plutôt que d’opter pour la portabilité de la complémentaire santé, afin de ne pas perdre le bénéfice principal de la prévoyance en cas d’invalidité.
 

 

3. Sort des salariés quittant l’entreprise sans prolongation de l’arrêt de travail

 

Lorsqu’un salarié quitte son entreprise sans que son arrêt de travail soit prolongé, il doit impérativement s’inscrire auprès de France Travail afin de bénéficier de la portabilité de la prévoyance et de la complémentaire santé. Cette inscription est une condition nécessaire pour maintenir temporairement ces couvertures.
 

Toutefois, cette démarche suppose que le salarié soit apte à travailler, ce qui est généralement incompatible avec la persistance de problèmes de santé. En effet, l’inscription à France Travail requiert une capacité effective à occuper un emploi, situation rarement conciliable avec une maladie neurodégénérative. De plus, il peut s’avérer difficile d’obtenir une reconnaissance d’invalidité dans ces conditions, la situation administrative du salarié compliquant les démarches auprès des organismes compétents.
 

Si, durant la période de portabilité, le salarié se retrouve de nouveau en arrêt de travail ou est placé en invalidité, la garantie de la prévoyance fonctionnera mais sera limitée au montant de l’allocation d’aide au retour à l’emploi, qui correspond à environ 57 % du salaire initial. Il est donc essentiel de veiller à solliciter un arrêt de travail ou une invalidité avant la fin de la période de portabilité afin d’assurer la continuité des droits et de suivre rigoureusement les démarches administratives pour éviter toute interruption de protection.
 

Ce mécanisme reste protecteur malgré une diminution significative des revenus, comparé à la situation antérieure où la prévoyance assurait un maintien de salaire plus avantageux.
 

En cas de radiation de France Travail, le salarié perd définitivement le bénéfice de la prévoyance.
 

 

La portabilité

 

La portabilité permet de conserver gratuitement la mutuelle et la prévoyance en cas de perte involontaire d’emploi et d’inscription à France Travail pendant un délai maximal de 12 mois.
 

Elle est utile uniquement lorsque la personne :
 

• est réellement en capacité de travailler,
• et ne bénéficie pas encore d’une prévoyance activée.

 

Pour une personne déjà en arrêt de travail ou en invalidité, la portabilité est moins protectrice que les garanties activées dans le cadre du contrat de travail.
 

La portabilité cesse dès que la personne a trouvé un nouvel emploi ou au plus tard à la fin de la fin de son droit à la portabilité.

Sources :

• Code de la sécurité sociale : art. L.323-1 et suivants (indemnités journalières)
• LOI n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière d’économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole – Article 37
• Article L. 3141-3 du code du travail
• Article L. 3141-4 du code du travail
• Article L. 3141-5 du code du travail
• Article L. 3141-5-1 du code du travail
• Article L. 3141-6 du code du travail
• Article L. 3141-19-1 du code du travail
• Article L. 3141-19-2 du code du travail
• Article L. 3141-19-3 du code du travail
• Article L. 3141-20 du code du travail
• Article L. 3141-21-1 du code du travail
• Code de la sécurité sociale : art. L.341-1 et suivants (pension d’invalidité)
• Code de la sécurité sociale : art. L.911-8 (portabilité des garanties santé/prévoyance)
• Décret n° 2014-1025 du 8 septembre 2014 (règles IJ en ALD)
• Question parlementaire n° 71072 de M Colombier Georges, publiée au JO le 9/02/2010 page 1320 et réponse publiée au JO le 23/03/2010 page 3484
• Cass. civ 2ème du 28 mai 2025, n°23-13.796